ايشان حتي درجه فقاهت و اجتهاد آقاي خميني را جعلي مي‌دانست و مرجعيت او را غير موجه اعلام مي‌نمود، به اين مضمون كه اعاظم حوزه علميه بعد از خرداد 1342 براي نجات جان آقاي خميني، بصورت مصلحتي يك رساله عمليه به نام ايشان آماده كردند و شهادت دادند كه وي فقيه و مجتهد است. هدف اين بود كه براي وي مصونيت گرفته شود تا اعدام نگردد. متاسفانه بعد از اين واقعه، آقاي خميني از اين محبت مراجع ديني سوء استفاده كرد. بخشي از وقايع مربوط به سوء استفاده‌هاي آقاي خميني و شيادي‌هاي وي را آيت الله سيد حسين كاظميني بروجردي، به نقل از پدر شهيد خود بازگو مي‌كرد.
به دفعات توطئه قتل ايشان توسط روحانيون حكومتي كشيده شد، از جمله اينكه يكي از شاگردان ايشان به نام حجت الاسلام شيخ ح.الف که بعد از انقلاب به مرور به جمع روحانيون حكومتي پيوست و خدمات بي‌نظيري در تبليغ فراورده فكري آقاي خميني يعني ولايت فقيه انجام داد، در اوايل انقلاب در يك ميهماني در غذاي آقا سمي مهلك ريخت. آيت الله بروجردي به بيمارستان منتقل شد و مشخص شد كه به ايشان سمي كشنده خوراند‌ه‌اند. بيش از چهار سال ايشان با اوضاع وخيم جسمي ايام را سپري را كرد و به ايشان چند هزار (بله، چند هزار) آمپول، تزريق شد ( روزي دو آمپول) كه در نهايت ايشان نتوانست طاقت بياورد و در حالي كه به حالت احتضار رفته بود، طي يك عنايت خاص الهي شفا گرفت و باعث تعجب اطبا گرديد. آقاي ح. الف، اكنون از وعاظ سرشناس ايران است و در همان زمان، بارها نزد دشمنان آيت الله بروجردي، به جنایت خود در ريختن سم كشنده در غذاي آقا اعتراف كرده و به خود باليده بود.
براي اينكه نام و ياد و تاثيرگذاري ايشان حذف شود آثار قلمي وي را با آنكه صرفا مذهبي بود و در زمان شاه فقید و اوائل انقلاب در تمامي حوزه‌هاي علميه و كتابخانه‌هاي ايران به وفور يافت مي‌شد، تجديد چاپ نكردند و اجازه انتشار آثار جديد نيز به ايشان داده نشد.
از نكات بارز عملکرد ايشان آن است كه در سالهاي مقارن انقلاب، زماني كه تمامي مساجد و منابر ايران تبديل به پايگاه‌هاي تبليغي براي رهبران انقلاب شده بود، ایشان هیچ گونه همکاری با انقلابیون نکرد. وي موافق فعاليتهاي فرهنگي و مسالمت‌آميز بود از جمله اينكه: به همگان توصيه مي‌كرد تا از شرکت در مناسک عبادی و حضور در اماکن مذهبی که در آنها تبليغات حكومتي و سياسي با برنامه‌های عبادی التقاط پیدا کرده، خودداری کنید. (مانند: نمازجمعه، جمكران، مساجد وابسته به حکومت). ایشان توصیه می‌نمود که با مطالعه کتب معتبر دینی، سطح معلومات و آگاهی خود را بالا ببرید تا طعمه فریبکاران دینی و روحانيون دنياطلب نشويد و هیچ کس را همطراز با نمایندگان آسمانی قرار ندهید و به ولایت آنها تن ندهید و ..... اين توصيه‌ها روي خيلي از مردان و بانوان مسلمان که مستقیم یا غیر مستقیم با ایشان ارتباط داشتند مؤثر واقع شد و مخصوصا بسياري بودند كه نسبت به ناحق بودن حكومت ديني در عصر غيبت ترديد داشتند كه با ارشادات ايشان، هدايت شدند و خود، مبلغ چنين افكاري گشتند.
ايشان در 6 سال آخر جنگ عراق با ايران، هرگز مردم را براي رفتن به جنگ تشويق نكرد و برخلاف روحانیون سیاسی مخالف فعاليتهاي بسيج و گروه‌هاي فشار در اماكن عبادي بود و به همین خاطر همواره مورد اهانت و ناسزاگوئی روحانیون حکومتی بود.
ايشان همواره مبلغ دين اصيل و مخالف دین سیاسی و مخالف حکومت فقها بود و روي عقايد خود ايستادگي مي‌كرد و در ده‌ها جلد كتابي كه تالیف نمود، حتی یک جمله در تایید حکومتهای دینی در دوران غیبت معصومین ننوشت و هرگز به نفع انقلاب و رهبران آن سخني نگفت و دین آباء و اجدادی را جدای از دین انقلاب می‌دانست.
ايشان بر خلاف روحانیون حکومتی که عملا جامعه را قربانیان بی‌ارزش و روزمره خود می‌دانند، همواره دلسوز جامعه بود و راضي نبود به اينكه كسي به خاطر ايشان به زحمت افتد.