آن مادر مظلوم در این روز در منزل نبودند، همچنین به منزل فرزند ایشان آیت الله سید حسین کاظمینی بروجردی نیز حمله کردند که با مقاومت مردم مواجه شدند و نتوانستند ایشان را دستگیر کنند. طی روزهای بعد از این واقعه، تلفنهای تهديدآميز رسما آغاز شد.
افراد ناشناسي به منزل اعضای خانواده آقای بروجردی زنگ مي‌زدند و تهدید مي‌کردند که اگر آقای بروجردی خود را تسلیم نکند و دست از جوسازی بر علیه نظام برندارد، همسر و مادر و خواهر او را خواهیم کشت! البته در سالهاي قبل از آن نیز مخصوصا از سال 1379 تا 1381 نيز تهديد به قتل از سوي عوامل ناشناس وجود داشته است.

بازداشت خانم فاطمه نخی :
ایشان در روز 15 مهر ماه 1385، 7 اكتبر 2006، در منزل فرزند خود سید حسین کاظمینی بروجردی حاضر شده بود تا به همراه مردم مانع از دستگیری وي شود. این مادر زجر كشيده به همراه آقای بروجردی و صدها نفر دیگر در سحر روز بعد، بازداشت شد. ایشان به هنگام بازداشت مانند همه حاضرین مورد ضرب و شتم قرار گرفت و با بدنی خونین و کبود، راهی بندهاي 240 و 209 زندان اوین گشت. در روزهای اول بازداشت نیز ایشان را مورد آزار و اذيت قرار دادند تا اینکه حالشان وخيم گشت و ناچاراً ایشان را آزاد کردند تا فوت ایشان به گردن رژیم نیفتد. ايشان بعد از آزادی در بیمارستاني بستری شد و تحت مداوا قرار گرفت و مدتی نیز در منزل بستری شد ولی پیوسته ناله مي‌كرد و دردهای شدیدي را در بدن خود اعلام مي‌نمود. در اين مدت كوتاه ايشان بارها در بیمارستانهای مختلف بستری شد تا اینکه در تاریخ 25 بهمن 1385، 14 فوريه 2007 در منزل خويش درگذشت.

علل اصلی فوت:
استشمام طولانی مدت گازهای اشک آور و احتمالا گازهای میکروبی در طی محاصره و تهاجم فوق الذکر که باعث ناراحتی ریوی ایشان شد و تا روز آخر عمر از تنگی نفس حاد، رنج برد.
عوارض ناشی از ضرب و شتم به هنگام دستگيري و همچنین در روزهاي بازداشت در بندهاي 240 و 209 اوین كه براي بانوئي با سن بالا مي‌تواند عامل مرگ ناگهاني باشد.
فشارهای روحی و روانی ناشی از مشاهده صحنه‌هاي وحشيانه تهاجم.
نكته بسيار مهم آن است كه ايشان تا قبل از وقايع فوق، هيچ نوع بيماري خاصي نداشتند و بسيار فعال بودند، ولي بعد از آزادي از زندان، لحظه به لحظه توان خود را از دست دادند و هيچ تمايلي براي خوردن غذا و استراحت كردن در ايشان ديده نشد و دائماً در حال گریه بودند و هميشه مي‌گفتند:

"صحنه كتك زدن و كشاندن سيد حسين بر روي زمين هميشه جلوي چشمان من است".

يكي از پزشكان معالج ايشان گفت: "استرسهاي ناگهانی و شديد ناشي از ديدن صحنه‌هاي درگیری و كابوسهاي دائمي آن مشاهدات، عامل اصلي از پاي افتادن ايشان بوده است."
پزشك ديگري مي‌گويد: "با توجه به اينكه ايشان قبل از حوادث فوق هيچ نوع بيماري خاصي نداشتند، احتمال دارد كه در روزهاي بازداشت در زندان، به او دارو و يا غذاي مشكوك خورانده باشند."

http://ara.amnesty.org/appeals/index/irn-010707-wwa-eng
http://www.fidh.org/spip.php?article3400

کیفیت و محل دفن:
دادگاه ويژه‌ي روحانيت طي يك ابلاغ شفاهي، برگزاري هرگونه مراسم تشيع عمومی و يادبود براي اين مادر مظلوم را ممنوع اعلان نمود و تهدید کرد که اگر مراسمی با حضور افرادی غیر از خانواده و اقوام ایشان برگزار شود، آقای بروجردی را در زندان شکنجه خواهد داد.
پيكر ايشان در بهشت زهراي تهران دفن شد.
براي شركت در مراسم تدفين اين مادر غريب، به فرزند زنداني ايشان، آقاي بروجردي مرخصي داده نشد.

نکاتي مهم:
نکته مهمی که در مورد زندگی این بانوی صبور وجود داشت این است که به اعتراف تمامي كساني كه او را مي‌شناختند ايشان با وجود انبوه تحريمها و تهديدهاي اجتماعي و تنشهاي عصبي و تهاجمات وحشيانه‌ي حكومتی، همواره همسري وفادار و مادري دلسوز بود و خود را خادم و خدمتگزار مراجعين بيت آيت الله بروجردي معرفي مي‌كرد.
فشارهاي روحي ناشي از فوت مشكوك شوهر، آيت الله سيد محمدعلي كاظميني بروجردي در سال 1381 و مصادره مسجد ايشان و تخريب مقبره آن مرجع مظلوم، از خاطر شاهدين اين وقايع تلخ پاك نخواهد گشت.
يك نمونه ماندگار از فشارهاي روحي بر ايشان:
در روز 14 شهریور 1385، نماینده حكومت به همراه چند تن از عوامل حکومتی برای اتمام حجت با آقای بروجردی به منزل ایشان آمدند و اعلام نمودند که اگر تسلیم نشوید بلائی که بر سر مجاهدین خلق و آیت الله شریعتمداری آوردیم را به سرت می‌آوریم ! در اواخر این جلسه، مادر آیت الله بروجردی حاضر شد. بخشی از فشارهای روحی وارد بر مادر و خانواده و نزديكان آقای بروجردی در فایل صوتی مذکور مشهود است.