عدم همكاري ايشان با علما و روحانيون انقلابي در سالهاي قبل از انقلاب و مخالفت با تداخل دین و دولت باعث شد تا بعد از پيروزي انقلاب، پرونده‌سازيهاي زيادي بر عليه ايشان انجام شود و ايشان به عنوان روحاني معاند و ضد ولايت فقيه، تحت تنفر و آزار حكومت قرار گيرد و به خانه‌نشيني تحميلي تن دهد و امكان منبر رفتن و تبليغات ديني گذشته از وي سلب گردد.
ايشان بارها در جمع نزديكان و علاقمندان خود گفته بود كه در دوران طلبگی در قم شاهد چه انحرافات فکری و عقیدتی از بنیانگذار انقلاب بودم و از مرجع مشهور شيعه، آيت الله سيد حسين طباطبائي بروجردي نیز مطالب بسياري شنیده‌ام مبنی بر اینکه آقای خمینی، به بهانه سرنگونی نظام شاهنشاهی ایران، در دین خدا بدعتگذاری خواهد کرد و ایمان مردم را به باد خواهد داد. ايشان مخالف سرسخت حكومت فقها بود و راي خود را منطبق بر مآخذ معتبر ديني و آراء اعظامي چون آيت الله طباطبائي بروجردي و آيت الله خوئي و آيت الله شريعتمداري مي‌دانست و در پاسخ به این سئوال كه چرا به عرصه اسلام سياسي وارد نمي‌شويد، جواب مي‌داد كه استادم، آيت الله العظمي حاج آقا حسين بروجردي، مي‌فرمود:
"به خدا قسم من نمي‌دانم كه سياست با صاد است يا با سين!"
ايشان بارها به نزديكان خود گفت كه از دهه چهارم عمر خود در جريان سنگ‌اندازيهاي آقاي خميني بر عليه اسلام اصيل قرار گرفتم و شاهد نگرانيهاي اعاظمي چون آيت الله طباطبائي بروجردي، آيت الله عبدالنبي نجفي عراقي و آيت الله صدر از انحرافات خطرناك و بدعتهاي دين‌سوز آقاي خميني بوده‌ام و از خدا مي‌خواهم قبل از اتمام عمرم شرايطي فراهم آيد كه اين اسناد و خاطرات را بازگو كنم تا ملتي كه تحت خشونت و استبداد آقاي خميني و همقطارانش، از خدا و اسلام رويگردان شده‌اند، اصلاح شوند. ايشان در سالهاي آخر عمر خود، به تذكره‌نويسي از آن خاطرات مشغول شد و به گردآوري و تنظيم آن اسناد و مدارك مبادرت ورزيد تا در صورت ارتحال، آن اسناد و خاطرات در زمان ممكن به دست مردم برسد. متاسفانه اين امر توسط وزارت اطلاعات رديابي شد و آنها با كشتن ايشان مانع از انجام چنين كار بزرگي شدند و سپس بارها به منزل ايشان دستبرد زدند و حتي در سالهاي بعد از ارتحال ايشان نيز در يك تهاجم به بيت ايشان تمامي اسناد و مدارك و نوشته‌هائي كه از ديد آنها مشكوك بود را با خود بردند و حتي كتب خطي و قديمي زيادي كه در منزل ايشان موجود بود را ربودند.
همانطور كه در فايل صوتي فوق آمده است، دشمني رژيم با آن فقيه واقع‌بين، امري قطعي و انكارناپذير است چرا كه ايشان بطور اصولي دين را جداي از دولت و حكومت مي‌دانست.
وي از قضاوتهاي عجولانه مردم كه عملكرد روحانيون دولتي را به حساب خدا و پيامبران مي‌گذارند مي‌گريست و آرزويش اين بود كه روزي بتواند واقعيتهاي دهه‌هاي گذشته بنيانگذار و رهبران انقلاب را به سمع و نظر مردم برساند و رفع ابهام از انديشه ايرانيان نمايد چراکه از اسرار و اخبار ناگفته بنيانگذار انقلاب در حد جامعي اطلاع داشت و بنيانگذار و پيشوايان ديني مؤثر در انقلاب را وابسته به استعمار انگلستان مي‌دانست و اين اسرار را به بازماندگان خود، بازگو كرده بود.